A diferencia de otras obediencias masónicas, el Régimen Escocés Rectificado no sólo es un corpus ritualístico. Su influencia espiritual se expresa
en una doctrina propia de iniciación que se transmite metódicamente de grado a grado. Así, a la par del estudio de los rituales, los miembros de la Orden
reciben una instrucción téorica que profundiza en los preceptos, símbolos y textos doctrinarios que corresponden a cada etapa de la iniciación.
La doctrina del RER está en absoluta armonía con la doctrina tradicional cristiana, pues abreva en ella. Ambas doctrinas incitan al hombre, que es la
imagen de Dios, para que recupere su semejanza original con el Creador a través del estudio de sus símbolos, enseñanzas y preceptos. Dada esta
correspondencia, la doctrina del Régimen Escocés Rectificado permite vivir la plenitud del proceso iniciático en la plenitud de la fe cristiana.
La formulación de esta doctrina, adaptada a la estructura y presentación actual de la Orden por Jean Baptiste de Willermoz, cuenta con dos fuentes de
inspiracion espiritual:
a) La doctrina “esotérica” de Martines de Pasqually, cuyas principales reflexiones se centran en el origen primero del hombre, su situación actual y el
destino último tanto del hombre como del Universo.
b) La tradición cristiana indivisa, nutrida por las enseñanzas de los Padres de la Iglesia, y como fundamento de la fe en la Santísima
Trinidad y la humanidad divina de Jesucristo.
Aunque pueda pensarse lo contrario, estas dos doctrinas, no sólo no se contradicen, sino que se corroboran entre sí. Por ello, todos los textos que
conforman el corpus doctrinario prueban su perfecta ortodoxia desde la perspectiva de todas las confesiones cristianas, pues como lo expresara
Joseph de Maistre, el Régimen Rectificado se ocupa, no de las cuestiones que dividen a los cristianos, sino de las que los unen.